Dự luật đưa ra lấy ý kiến lần này đều bảo lưu các nội dung đề xuất như lần lấy ý kiến trước, với khung thuế môi trường cho xăng từ 3.000 - 8.000 đồng/lít, nhiên liệu bay từ 3.000 - 6.000 đồng/lít, các loại dầu khác có mức tối đa 4.000 đồng/lít (trừ dầu hỏa vẫn giữ mức tối đa 2.000 đồng/lít).

Tuy nhiên, dự thảo tờ trình Chính phủ lần này Bộ Tài chính đã có những nội dung giải thích cặn kẽ hơn về phần thu - chi ngân sách cho bảo vệ môi trường. Do dự thảo trước dư luận phản ứng mạnh vì thuế môi trường thu lớn, nhưng chi cho bảo vệ môi trường chưa tới nửa số thu.

Với những thay đổi trong thuyết trình phần chi được cho là bảo vệ môi trường, đã đẩy số chi ngân sách nhà nước cho nhiệm vụ này tăng lên gấp đôi so với dự thảo trước. 

Cụ thể, giai đoạn 2012 - 2016, tổng thu thuế bảo vệ môi trường là 105.985 tỷ đồng.

Dự thảo trước Bộ Tài chính công bố chi ngân sách nhà nước cho nhiệm vụ bảo vệ môi trường giai đoạn 2012 - 2016 chỉ 52.142 tỷ đồng (chiếm nửa số thu), bình quân mỗi năm chi khoảng 10.000 tỷ đồng/năm. Nhưng dự thảo lần này con số chi cho bảo vệ môi trường trong giai đoạn 2012-2016 đã tăng lên 131.857 tỷ đồng (cao hơn số thu), bình quân mỗi năm chi 26.371 tỷ đồng/năm. 

Dự thảo mới của Bộ Tài chính viện dẫn hàng loạt khoản ngân sách chi được cho là để bảo vệ môi trường, như: Chi thường xuyên cho bảo vệ môi trường khoảng 89.131 tỷ đồng (chi ứng phó biến đổi khí hậu, chi dự toán hàng năm cho Bộ TN&MT, chi chương trình tiết kiệm năng lượng, phát triển rừng…)

Chi 24.246 tỷ đồng cho ngành tài nguyên và môi trường; ngành cấp nước và xử lý rác thải, nước thải. Chi 18.480 tỷ đồng từ dự phòng ngân sách trung ương để phòng chống, khắc phục thiên tai.

“Ngoài ra còn một số nội dung, nhiệm vụ do ngân sách nhà nước chi trả góp phần góp phần bảo vệ môi trường như: Dự án Xây dựng tuyến đường sắt trên cao; các dự án, chương trình khoa học công nghệ ứng dụng công nghệ xanh, bền vững...”, Bộ Tài chính dẫn thêm, và khẳng định ngân sách nhà nước chi cho bảo vệ môi trường lớn hơn số thu được từ thuế môi trường.

Bộ Tài chính lý giải, khoản thu thuế bảo vệ môi trường không mang tính đối giá và hoàn trả trực tiếp, không quy định sử dụng cho các nhiệm vụ chi cụ thể. Khoản thu này được sử dụng để bố trí, đảm bảo an ninh quốc phòng, trật tự an toàn xã hội; chi điều chỉnh các hoạt động sản xuất, kinh doanh, thực hiện chính sách cải cách tiền lương... Do đó, kinh phí ngân sách nhà nước bố trí cho các nhiệm vụ bảo vệ môi trường có thể bằng hoặc thấp hơn so với số thu thuế bảo vệ môi trường.