Tuy nhiên, nhìn chung tiến độ sắp xếp, đổi mới doanh nghiệp nhà nước còn chậm, Nhà nước vẫn giữ cổ phần chi phối ở nhiều ngành, lĩnh vực mà Nhà nước không cần nắm giữ 100% vốn hoặc giữ chi phối, đặc biệt là tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước, số lượng vốn nhà nước đã bán ra chỉ chiếm khoảng 8% vốn nhà nước tại các doanh nghiệp; hiệu quả sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp nhà nước còn thấp so với nguồn lực đang nắm giữ. 

Một số cơ chế, chính sách về đổi mới tổ chức, quản lý hoạt động của doanh nghiệp nhà nước và sắp xếp, cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại doanh nghiệp ban hành chậm so với kế hoạch đề ra; chưa có quy định nâng cao chất lượng và ràng buộc trách nhiệm của tổ chức tư vấn khi xác định giá trị doanh nghiệp và giá khởi điểm của doanh nghiệp nhà nước cổ phần hóa; xử lý đất đai khi cổ phần hóa chưa chặt chẽ, còn bất cập. 

Việc thực hiện các quyền, trách nhiệm, nghĩa vụ của chủ sở hữu nhà nước đối với doanh nghiệp nhà nước và doanh nghiệp có vốn nhà nước chưa có hiệu quả; chưa tách được chức năng chủ sở hữu nhà nước với chức năng quản lý nhà nước của các cơ quan nhà nước.

Để đẩy mạnh sắp xếp, đổi mới doanh nghiệp nhà nước giai đoạn 2016-2020, Thủ tướng Chính phủ chỉ thị các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước tập trung thực hiện tốt các nhiệm vụ.

Về hoàn thiện cơ chế, chính sách, Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính trong quý I/2017 trình Chính phủ ban hành Nghị định thay thế các Nghị định: số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011, số 189/2013/NĐ-CP ngày 20/11/2013, số 116/2015/NĐ-CP ngày 11/11/2015 của Chính phủ về chuyển doanh nghiệp 100% vốn nhà nước thành công ty cổ phần. 

Trong đó, quy định nâng cao chất lượng và trách nhiệm của tổ chức tư vấn trong việc xác định vốn, tài sản nhà nước tại doanh nghiệp để cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước; việc thuê tư vấn quốc tế xác định giá trị doanh nghiệp và bán cổ phần nhà nước tại doanh nghiệp trên thị trường quốc tế; có cơ chế thu hút nhà đầu tư chiến lược, bổ sung tiêu chí gắn với trách nhiệm và chế tài bảo đảm thực hiện cam kết đối với cổ đông chiến lược; nghiên cứu, xây dựng quy định về thuê đất tại các vị trí có lợi thế kinh doanh nhằm nâng cao hiệu quả sử dụng đất, tăng thu cho ngân sách nhà nước.

Trong quý II/2017, Bộ Tài chính trình Chính phủ ban hành Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 91/2015/NĐ-CP ngày 13/10/2015 của Chính phủ về đầu tư vốn nhà nước vào doanh nghiệp và quản lý, sử dụng vốn, tài sản tại doanh nghiệp theo quy định tại Luật Quản lý, sử dụng vốn nhà nước đầu tư và sản xuất, kinh doanh tại doanh nghiệp và theo hướng mở rộng thêm các phương thức thoái vốn khác như: đấu giá thông thường hoặc bán cả lô toàn bộ phần vốn nhà nước tại công ty đại chúng niêm yết nhưng không thấp hơn biên độ giá giao dịch tại thời điểm bán; bổ sung quy định về việc xác định giá khởi điểm đối với phần vốn nhà nước trước khi tổ chức bán theo phương thức giao dịch khớp lệnh trên sàn giao dịch chứng khoán.

Bộ Kế hoạch và Đầu tư trong tháng 02/2017 trình Chính phủ Đề án thành lập cơ quan chuyên trách làm đại diện chủ sở hữu đối với doanh nghiệp nhà nước và vốn nhà nước tại doanh nghiệp; trong quý I/2017, trình cấp có thẩm quyền ban hành tiêu chí phân loại đơn vị sự nghiệp công lập, danh mục đơn vị sự nghiệp công lập của các Bộ, ngành, địa phương, tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước chuyển thành công ty cổ phần; trong quý II/2017 nghiên cứu, trình cấp có thẩm quyền ban hành hệ thống đánh giá hiệu quả hoạt động sản xuất kinh doanh và thực hiện nhiệm vụ công ích của doanh nghiệp.

Trong quý II/2017, các Bộ, ngành liên quan trình Chính phủ sửa đổi, bổ sung các quy định có liên quan đến tổ chức, hoạt động của doanh nghiệp nhà nước cho phù hợp với các luật mới được ban hành (Luật Doanh nghiệp, Luật Đầu tư, Luật Quản lý, sử dụng vốn nhà nước đầu tư vào sản xuất, kinh doanh tại doanh nghiệp) và yêu cầu thực tiễn đề ra.